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針對研究生入學考試中“考分最高”與“水平最高”之間往往不能劃等號的現象，南開大學還決定，將從考試方式、增加學院和導師自主權、加強監督管理方面入手提高生源質量、改善生源結構，將部分“高分低能”考生拒之門外，確保錄取到水平最高的考生。
　　
　　南開大學鼓勵各學科根據自身特點，強化復試過程。目前，化學學院已經實行“復試否決制”，復試成績不合格的考生，初試成績再高也將落榜。南開大學研究生院副院長李靖說，研究生考試過窄的命題范圍容易造成“應試教育”，不易考核出考生的真正水平、綜合知識和能力。有關院系在嚴謹負責的前提下，由導師和專家委員會討論是否對考生實行“復試否決”，只要有理有據，學校便會予以支持。
　　
　　由于良好的品牌效應，南開大學成為全國大學生報考研究生的最熱門高校之一。2005年碩士研究生錄取2550人，報名人數則達到15577人，報名錄取比超過6.1：1，高過北京大學5.1:1的比例，在全國高校中處于領先地位。
　　
　　對于考生，學校致力于建立科學的研究生考試和選拔制度，從中篩選出優質生源予以培養。在研究生考試題目的設計中充分利用自主出題科目，把握試題的難易程度，最大限度地檢測出考生的能力和潛力。在統一出題的科目認真分析有關試題，確定選拔的合適標準，做到寧缺毋濫。在復試中做到公平、公正、公開的同時，適度擴大面試的比重，特別注重整體素質和發展潛力的考核，使那些基礎扎實、善于思考、有研究潛力的學生進入研究生學習階段。在選拔制度上，逐步擴大專業學院選拔研究生的決策權。在此基礎上，逐步擴大導師在博士生選拔中的自主權，使導師可以根據自己發展學科的特點、課題研究的需要和自己的課題與經費確定招生的數量和人選。此外，學校還將加大“考核攻博”的力度，通過“免試推薦”、“轉攻博”和“直攻博”等方式吸引更多的優秀生源。